Bioinformatics:新型软件或可使CRISPR变得更加简单

来源:生物谷 2017年01月05日

来自瑞典卡罗琳学院和哥德堡大学的研究人员通过研究开发出了一种名为“Green Listed”的基于网络的新型软件,其能够促进CRISPR方法学的利用,目前该软件能够通过网络免费获取。

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日前,一项刊登在国际杂志Bioinformatics上的研究报告中,来自瑞典卡罗琳学院和哥德堡大学的研究人员通过研究开发出了一种名为“Green Listed”的基于网络的新型软件,其能够促进CRISPR方法学的利用,目前该软件能够通过网络免费获取。

细胞是构成有机体的微小组成部分,人类机体中的细胞数量是地球上人口数量的100倍,这些细胞中绝大多数成分都是长链的DNA,DNA链能够影响细胞的不同外观以及行为,而CRISPR技术是一种用于快速研究DNA不同组成部分对细胞影响的新型基因编辑方法,利用这种新型“基因魔剪”,研究者们就能够对人类疾病的发病原因进行深入研究,并且开发出治疗疾病的新型策略。

研究者Fredrik Wermeling表示,我们能够利用CRISPR方法来对免疫细胞和癌细胞进行研究,我们的目标就是开发新型疗法来治疗免疫系统相关疾病的患者,比如关节炎和癌症等。CRISPR方法是基于很多细菌中存在的一种自我防御系统,近些年来很多研究者开始关注该方法的应用,利用CRISPR的一种强大方法就是同时对DNA的不同部分进行研究,俗称为CRISPR筛选研究,Green Listed能够特异性地促进这种类型大规模的研究。

研究人员指出,通过在我们的研究中实现CRISPR方法学,我们就能够解释很多我们进行很多年研究用于阐明的现象,而这主要同CRISPR筛选实验相关,在这类实验中研究者能够平行地修饰来自分离细胞中大量DNA的选择部分,而该软件能够有效地简化该过程,同时对于实验进行也至关重要。

DNA是研究者们经常使用的一种抽象概念,研究者认为,探索DNA奥秘的方法就类似于细胞随身携带的“食谱”一样,组成细胞的组分或许并不相同,因为细胞以不同的方式利用了不同的信息来进行了自我组建,从一定程度上来讲,很多疾病或许都能够通过DNA的特殊改变来进行解释。与“食谱”的隐喻一样,“食谱”中的一种或多种配方都有可能被改变,如果改变了“食谱”中的某一种配方就会使得终产物变得不同,比如将一勺子糖改成了一勺子盐,利用CRISPR方法,研究者们就能够对单一的离体细胞进行快速改变,从而来深入研究疾病的发生根源。

该研究由瑞典研究理事会等机构提供资助,后期研究者们还将继续深入研究,基于该软件来探索新方法深入研究人类疾病发病机理,并为后期科学家们开发新型疾病疗法提供思路和希望。

doi:10.1093/bioinformatics/btw739

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标签: CRISPRDNA免疫系统
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